Una nueva revisión sistemática Cochrane indica que las pruebas de amplificación mediada por transcripción (TMA por sus siglas en inglés) y las pruebas de reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa (RT‐PCR por sus siglas en inglés) disponibles en el mercado diseñadas específicamente para omitir/adaptar la extracción/purificación del ARN parecen lo suficientemente exactas como para reemplazar el método de RT‐PCR con la extracción/purificación previa del ARN (una molécula esencial para la mayoría de las funciones biológicas) para identificar a las personas con infección por síndrome respiratorio agudo grave por coronavirus 2 (SARS‐CoV‐2), especialmente cuando la alternativa sería no tener acceso a las pruebas. Los autores de esta revisión, entre quienes figuran Ingrid Arévalo-Rodríguez, Agustín Ciapponi, Diana Buitrago-García, Tayeb Bennouna-Dalero y Marta Roqué-Figuls, advierten, sin embargo, que estos hallazgos se deben interpretar y utilizar con cautela debido a varias limitaciones en la evidencia.

A continuación se detallan otros aspectos relevantes de la revisión:

Otro mensajes clave

• La precisión de otro tipo de pruebas moleculares de laboratorio alternativas a la RT‐PCR está por debajo de las normas recomendadas por la Organización Mundial de la Salud (OMS) o no hay un volumen suficiente de pruebas para establecer conclusiones fiables.
• La extrapolación de los datos de precisión de las pruebas evaluadas a cualquier otra/s marca/s de pruebas que utilice/n las mismas técnicas será difícil, ya que las categorías principales están sobrerrepresentadas por marcas de pruebas concretas muy precisas. Se necesita una evaluación adicional de estas pruebas en escenarios reales de práctica clínica.

¿Cuáles son las pruebas moleculares de laboratorio alternativas para identificar a las personas infectadas por el SARS‐CoV‐2?

Las pruebas moleculares de laboratorio tienen como objetivo confirmar o descartar la infección por SARS‐CoV‐2 en las personas. Se han desarrollado alternativas a las pruebas de RT‐PCR para reducir los pasos necesarios para procesar las muestras en el laboratorio o utilizar menos recursos para obtener los mismos resultados válidos. Esta revisión se centró en las pruebas desarrolladas comercialmente por un fabricante, proporcionando instrucciones para su uso profesional.

¿Por qué es importante esta pregunta?

Las personas con una presunta infección por SARS‐CoV‐2 deben saber si están infectados para autoaislarse, recibir tratamiento e informar a los contactos cercanos. El fracaso en la detección del SARS‐CoV‐2 cuando está presente tiene el riesgo de propagar la infección y da lugar a que se pierdan oportunidades de prevención. El diagnóstico de infección por SARS‐CoV‐2 cuando no está presente, puede dar lugar a un autoaislamiento innecesario y a que se realicen pruebas a los contactos cercanos. Actualmente, las pruebas para confirmar la infección por SARS‐CoV‐2 dependen de una prueba molecular de laboratorio llamada RT‐PCR. Esto requiere equipo especializado y puede tardar 24 horas en producir un resultado. Si las pruebas que tardan menos tiempo o utilizan recursos fácilmente disponibles fueran suficientemente precisas para reemplazar las pruebas de RT‐PCR, podría aumentar el número de pruebas que se podrían realizar, permitir un diagnóstico más rápido y permitir que las personas tomen medidas apropiadas más rápidamente.

¿Qué se quiso averiguar?

Se quería saber si las pruebas moleculares alternativas de laboratorio fabricadas para la venta son lo suficientemente precisas como para diagnosticar la infección por SARS‐CoV‐2 en comparación con la RT‐PCR.

¿Qué se hizo?

Se buscaron estudios que investigaran estas pruebas en personas (o muestras) que también se analizaron para la infección por SARS‐CoV‐2 mediante la RT‐PCR, que modificaran la RT‐PCR al eliminar o alterar los componentes de este proceso de análisis.

¿Qué se encontró?

En la revisión se incluyeron 105 evaluaciones que evaluaban alternativas a la RT‐PCR. Los resultados principales se basan en 74 753 muestras y la infección por SARS‐CoV‐2 se confirmó en 7517 de estas muestras. La mayoría de las evaluaciones (27/105) se referían a diversos tipos de pruebas específicamente diseñadas para omitir/adaptar la extracción/purificación del ARN. Veinticuatro de 105 evaluaciones se referían a diversos tipos de pruebas que funcionaban a una temperatura (pruebas isotérmicas) en lugar de pasar a través de diferentes temperaturas. Veinticuatro de 105 evaluaciones se referían a diversos tipos de pruebas que combinaban estos dos enfoques alternativos.

Resultados principales

Solo las pruebas diseñadas específicamente para omitir/adaptar la extracción/purificación del ARN y las pruebas de TMA con extracción del ARN (un tipo de prueba isotérmica) cumplieron con las normas aceptables de la OMS para confirmar y descartar el SARS‐CoV‐2. Por ejemplo, los resultados de estos estudios indican que en un grupo de 1000 personas, 50 de las cuales (5%) en realidad presentan SARS‐CoV‐2:

Para las pruebas diseñadas específicamente para omitir/adaptar la extracción/purificación del ARN:

• 51 personas darían positivo en la prueba para SARS‐CoV‐2. De estas, 3 (6%) no tendrían SARS‐CoV‐2 (resultado falso positivo).
• 949 personas darían negativo en la prueba para SARS‐CoV‐2. De estas, dos (0,2%) tendrían realmente SARS‐CoV‐2 (resultado falso negativo)

Para las pruebas de TMA con extracción del ARN:

• 55 personas darían positivo en la prueba para SARS‐CoV‐2. De estas, 6 (10%) no tendrían SARS‐CoV‐2 (resultado falso positivo).
• 945 personas darían negativo en la prueba para SARS‐CoV‐2. De estas, 1 persona (0,1%) tendría realmente SARS‐CoV‐2 (resultado falso negativo)

¿Cuáles son las limitaciones de la evidencia?

La mayoría de los estudios incluidos no proporcionaron información sobre los participantes a los que se les realizaron las pruebas, como si tenían síntomas o eran contactos cercanos de un caso de SARS‐CoV‐2. También hubo dudas acerca del método de reclutamiento de los participantes en la mayoría de los estudios incluidos, lo que puede haber dado lugar a una sobrestimación de la precisión de estos métodos. Además, el método utilizado para determinar si las personas no presentaban infección por SARS‐CoV‐2 no se consideró fiable en la mayoría de los estudios, lo que puede haber dado lugar a la subestimación de la precisión de estos métodos. Algunos estudios no siguieron las instrucciones de los fabricantes para utilizar la prueba. Los resultados de diferentes marcas de pruebas que utilizaron la misma técnica variaron.

¿Qué significa esto?

Los estudios incluidos en esta revisión indican que dos pruebas moleculares de laboratorio podrían ser lo suficientemente precisas como para reemplazar o complementar las pruebas de RT‐PCR con extracción/purificación previa del ARN para el diagnóstico de la infección por SARS‐CoV‐2: Pruebas de RT‐PCR desarrolladas para omitir o adaptar la extracción o purificación del ARN y las pruebas isotérmicas de TMA (conservación de un paso de extracción del ARN). Otras pruebas alternativas a la RT‐PCR fueron evaluadas solo por unos pocos estudios de calidad metodológica limitada, y su realización debe ser evaluada por estudios adicionales. Además, los datos de estos estudios dependían principalmente de muestras adquiridas en el pasado (en comparación con muestras actuales o futuras), por lo que se requiere una evaluación adicional de estas pruebas en escenarios reales de práctica clínica. Además, las decisiones sobre la prueba óptima para un contexto específico dependerán no solo de la exactitud diagnóstica, sino también de otros factores como la complejidad de la prueba, el tiempo transcurrido hasta el resultado, la aceptabilidad de las pruebas y el contexto en el que se utilizarán.

¿Qué grado de actualización tiene esta revisión?

Esta revisión incluye evidencia publicada hasta el 31 de octubre de 2022.

Referencia

Arevalo-Rodriguez I, Mateos-Haro M, Dinnes J, Ciapponi A, Davenport C, Buitrago-Garcia D, Bennouna-Dalero T, Roqué-Figuls M, Van den Bruel A, von Eije KJ, Emperador D, Hooft L, Spijker R, Leeflang MMG, Takwoingi Y, Deeks JJ. Laboratory‐based molecular test alternatives to RT‐PCR for the diagnosis of SARS‐CoV‐2 infection. Cochrane Database of Systematic Reviews 2024, Issue 10. Art. No.: CD015618. DOI: 10.1002/14651858.CD015618